Enam bulan telah berlalu sejak peristiwa dalam film sebelumnya. Nasib telah kembali ke Kota Uminari dengan Lindy sebagai wali sahnya dan menjalani kehidupan anak sekolah dasar yang normal bersama dengan Nanoha dan teman-temannya. Reuni antara dua teman yang baru ditemukan terputus, namun, ketika mereka diserang oleh empat pengguna sihir kuno yang mengidentifikasi diri mereka sebagai Wolkenritter. Ketika motif di balik tindakan Wolkenritter menjadi jelas, Nanoha dan Fate menemukan diri mereka dalam perlombaan melawan waktu untuk menghentikan pengaktifan kembali artefak yang sangat berbahaya yang dikenal sebagai The Book of Darkness.