Medaka Kurokami, dalam arti sebenarnya, sempurna. Cantik, cerdas, dan atletis, impian Medaka adalah membuat orang lain bahagia. Jadi ketika dia mencalonkan diri sebagai Presiden Dewan Siswa dari Akademi Hakoniwa yang bergengsi, memenangkan pemilihan dengan 98% suara hanya bisa diharapkan. Hal pertama yang dilakukan oleh presiden baru yang riuh ini adalah mendirikan ‘Kotak Medaka,’ kotak saran yang memungkinkan siswa untuk mengajukan segala jenis permintaan bantuan. Bersama dengan Zenkichi Hitoyoshi yang sinis, teman masa kecilnya yang telah dipersenjatai dengan kuat untuk membantu, Medaka memenuhi permintaan ini pada tingkat yang konyol. Untuk setiap pekerjaan yang diselesaikan, dia menambahkan bunga ke ruang OSIS, dengan tujuan mengisi seluruh sekolah. Namun, keduanya akan mengetahui bahwa membantu orang lain mungkin jauh lebih sulit daripada yang mereka pikirkan ketika mereka mulai mengungkap rencana yang menghancurkan berpusat pada akademi dan bahkan Medaka sendiri!