Sebuah adaptasi anime TV episode 1-3 dari 5 total episode dari game Phantasy Star Online 2. Beberapa konten asli-anime akan dibuat juga. Episode 1: Selama ujian kualifikasi mereka di planet Naberius, pemain dan sesama peserta pelatihan ARKS Afin diserang oleh organisme jahat yang dikenal sebagai Darkers. Ini diikuti oleh keduanya menemukan seorang gadis misterius yang kehilangan sebagian besar ingatannya, dan kebenaran tentang Naberius dan lonjakan kegiatan Darker baru-baru ini. Episode 2: Plot mengikuti pemain dan Matoi ketika mereka mencoba untuk mengungkap konspirasi gelap mengenai asal-usul dan tujuan ARKS. Episode 3: Penemuan planet Harukotan membawa pencarian baru ke medan, karena kedamaian antara Shironian dan Orang Kuron yang tinggal di planet ini terganggu oleh serangan mendadak orang Kuron. ARKS yang baru direformasi ditugaskan untuk menyelidiki alasan di balik itu semua, dan sepertinya kebenarannya lebih rumit dan mengerikan daripada yang diperkirakan …