Tanah air Genesect tidak ada lagi. Setelah tiga ratus juta tahun, pegunungan bersalju tempat Pokemon Paleozoikum hidup tidak lagi dapat dihuni – tetapi tidak semua ras benar-benar punah. Beberapa spesimen masih hidup dan – bingung dan tertekan – sangat ingin menemukan tempat baru untuk menelepon ke rumah. Dipimpin oleh Shiny Genesect dan ditemani oleh Legendary Pokemon Mewtwo, makhluk-makhluk gelandangan itu tiba di New Tork City. Menjadikan kota sebagai kota yang mirip dengan habitat awal mereka, Genesect mengambil alih pusat kota, mengusir Pokemon lain dan mengancam keberadaan penduduk setempat. Di atas semua itu, pemimpin Genesect menghadapi Mewtwo dalam duel licik dan serba cepat yang terikat untuk menghancurkan seluruh kota – dan terserah kepada Satoshi dan teman-temannya untuk menyelamatkan kota dan merekonsiliasi Pokemon yang sedang berseteru.