Dunia Biru, yang melambangkan alasan, diserang terus-menerus oleh makhluk yang disebut Nightfly O’Note yang berasal dari Dunia Merah, melambangkan naluri. Akira Asagi, protagonis berusia 17 tahun yang merupakan peneliti di Blue World, dinominasikan untuk memimpin perang di Ryuukyuu LAG, fasilitas pertahanan yang bangga di pulau Ishigaki dan Iriomote. Dia bertemu dengan unit tempur keenam ‘IS,’ yang dibentuk empat tahun setelah pertempuran sengit yang memusnahkan unit kelima. Akari harus memimpin keenam pembalap ini, juga disebut Scared Rider Xechs, untuk bertarung melawan dunia lain sementara pada saat yang sama memperdalam hubungan di antara mereka.