Setelah mendapatkan kembali kemampuannya yang seperti cumi-cumi, Ika Musume berencana untuk melanjutkan misinya yang ditunjuk sendiri untuk menghancurkan seluruh umat manusia. Namun, pekerjaan riangnya sebagai pelayan di rumah pantai Lemon berarti dia tidak bisa tidak bermalas-malasan selama waktu luangnya! Selain itu, ia dibebani dengan banyak masalah, seperti dikejar oleh sekelompok individu yang terobsesi dengan alien dan menangkap minat seorang gadis gila. Mengambil setelah akhir musim pertama, Shinryaku !? Ika Musume mengikuti kehidupan lucu Ika Musume saat ia merencanakan invasi berikutnya ke dunia permukaan.