Academy City berdiri di garis depan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, terkenal karena pengembangan esper mereka: mereka yang mampu menggunakan kemampuan manusia super yang mengubah aturan realitas. Yang paling kuat di antara mereka adalah Level 5, dan yang dikenal sebagai Accelerator berkuasa, bahkan setelah dilemahkan oleh cedera otak yang parah. Di sisinya adalah seorang gadis muda yang dikenal sebagai Last Order, yang terlepas dari sikapnya yang dingin, ia memegang erat-erat dan bersumpah untuk melindungi dengan segala cara. Meskipun Accelerator mungkin pulih dari cederanya, sisi gelap Academy City tidak pernah berhenti, dan jadi ia menemukan dirinya tidak mau terjebak di tengah-tengah konflik baru. Ketika seorang wanita muda misterius mendekati Accelerator untuk mengejar Last Order, esper berperingkat tertinggi dihadapkan pada organisasi berbisa yang telah mengakar dalam Anti-Skill, organisasi penjaga perdamaian Academy City. Dengan pasukan berbahaya yang bergerak untuk mengancam Last Order dan saudara-saudaranya dalam bahaya, penjahat yang memproklamirkan diri bersiap untuk melangkah ke dalam kegelapan sekali lagi.